天手让叶是名女高中生，在空中的宇宙殖民卫星过着平静的生活。但在遇到难民少女尼娅安后，她被卷入了非法MS决斗竞技“军团战”之中。她化名“玛秋”参赛，驾驶着高达GQuuuuuuX，每日投身激烈的战斗。同时，被宇宙军和警察两方追捕的神秘高达及其驾驶员少年修司，出现在她们面前。接着世界迎向了新时代。

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成为“第三次冲击”元凶的碇真嗣，变得像废人一样……真嗣还能振作起来吗？2012年《福音战士新剧场版：Q》之后，这部动画讲述了被封印的故事的后续。

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